Instytut Historii Sztuki UW w swojej działalności naukowej, dydaktycznej i popularyzatorskiej współpracuje z licznymi instytucjami kultury i galeriami. Jego stałymi partnerami są Muzeum Narodowe w Warszawie i Zachęta – Narodowa Galeria Sztuki.
Rezultatem interdyscyplinarnej instytucjonalnej współpracy naukowej jest rozwijana od 2015 r. baza danych URUS. Wśród licznych inicjatyw popularyzatorskich wymienić można serię publikacji Poza Warszawą wydawaną przez Mazowiecki Instytut Kultury w ramach Mazowieckiej Akademii Dziedzictwa.
Jednocześnie Instytut jako część Wydziału Nauk o Kulturze i Sztuce oraz Uniwersytetu Warszawskiego uczestniczy w licznych programach współpracy i wymiany międzynarodowej.